Utilisation du test GeneXpert pour le diagnostic de la tuberculose au service des maladies infectieuses du CHNU de Fann

Utilisation du test GeneXpert pour le diagnostic de la tuberculose au service des maladies infectieuses du CHNU de Fann

Use of GeneXpert test for the diagnosis of tuberculosis in the department of infectious diseases of FANN University Hospital

Sylvie Audrey Diop^1,2,&, Aminata Massaly¹, Daye Ka¹, Noel Magloire Manga^1,3, Louise Fortes-Déguénonvo¹, Cheikh Tidiane Ndour¹, Viviane Marie Pierre Cisse¹, Moussa Seydi¹

 

¹Clinique des Maladies Infectieuses, CHNU de Fann, Université Cheikh Anta Diop, Dakar, Sénégal, ²UFR Santé, Université de Thiès, Thiès, Sénégal, ³UFR Santé, Université de Ziguinchor, Ziguinchor, Sénégal

 

 

^&Auteur correspondant
Sylvie Audrey Diop, Clinique des Maladies Infectieuses, CHNU de Fann, Université Cheikh Anta Diop, Dakar, Sénégal, UFR Santé, Université de Thiès, Thiès, Sénégal

 

 

 

 

Dans les pays à ressources limitées où elle représente pourtant un véritable problème de santé publique, la confirmation de la tuberculose pose souvent problème en raison d’un plateau technique limité et de l’inconstance avec lesquelles les différents examens de confirmation sont réalisés. La mise en place de nouveaux outils, essentiellement de biologie moléculaire dont le test Xpert/MTB/ Rif ou GeneXpert® dont l’utilisation a été approuvée depuis Décembre 2010 par l’OMS a permis d’augmenter la sensibilité et surtout de raccourcir le délai de confirmation de la tuberculose [1-3]. Au Service des maladies Infectieuses et Tropicales du CHNU de Fann(SMIT), service de référence dans la prise en charge des pathologies infectieuses au Sénégal, la tuberculose demeure la première infection opportuniste. Toutes les études menées antérieurement dans ce service montraient que beaucoup de malades étaient traités sur des arguments indirects reposant avant tout sur un faisceau d´arguments épidémiologiques, cliniques et radiologiques autorisant la mise en route du traitement anti-bacillaire avant la confirmation diagnostique [4,5]. En 2012 grâce à un partenariat, le CHNU de Fann a disposé du GeneXpert qui est venu renforcer son plateau technique.C’est dans ce contexte que nous avions réalisé cette étude dont l’objectif était de montrer notre expérience d’utilisation du GeneXpert et d’évaluer son apport dans la confirmation des suspicions de tuberculose et dans la prise en charge des malades.

 

 

Il s’agissait d’une étude prospective, descriptive et analytique sur une période d’un an, allant de Janvier à Décembre 2013 qui a concerné des malades hospitalisés au service des maladies infectieuses de Fann pour suspicion de tuberculose âgés de 18 ans et plus et ayant bénéficié d’un test GeneXpert. La tuberculose était suspectée sur des arguments épidémiologiques (notion de contage tuberculeux, antécédents de tuberculose, terrain VIH); des arguments cliniques: chronicité du tableau, des signes d’imprégnation tuberculeuse; des arguments paracliniques: images radiologiques évocatrices et en fonction de la localisation; des arguments thérapeutiques: absence d’amélioration devant un traitement non spécifique bien conduit. Ces patients devaient bénéficier d’un bilan classique de tuberculose à savoir IDRT, recherche de BAAR. La culture n’était pas disponible. Le GeneXpert quant à lui, était utilisé comme test diagnostique complémentaire en cas de présomption de tuberculose multi résistante ou de tuberculose associée au VIH. La saisie des données a été faite par le logiciel Epi data et l’analyse par le logiciel Epi info version 3.5.4. Les pourcentages ont été comparés par le test chi². Une valeur de p < 0,05 a été considérée comme significative.

 

 

De Janvier à Décembre 2013, 94 patients suspects de tuberculose ont bénéficié d’un test GeneXpert. Il s’agissait en majorité d’homme avec un sexe ratio de 1,6. La moyenne d’âge était de 41 ans ± 11 ans avec des extrêmes de 18 et 71 ans. L’atteinte pulmonaire était la plus fréquemment retrouvée (92,6%). La prévalence de la tuberculose extrapulmonaire était de 34,5% avec une prédominance des localisations méningées et péritonéales. La séroprévalence rétrovirale était de 72%, avec une prédominance du profil 1 (93%). Le taux de lymphocytes T CD4+ moyen était de 76 ± 106/mm³ et la médiane de 42/mm³ avec des extrêmes de 1 à 498/mm³. Quatre-vingt-onze pour cent (91%) des patients étaient en immunodépression sévère (CD4<200/mm³). La recherche de BAAR avait été faite chez 55 patients, avec un taux de positivité de 16%. Le GeneXpert est revenu positif chez 58 patients soit une positivité de 62%. Nous n’avons pas noté de différence significative entre les résultats du GeneXpert corrélés au sexe ou à l’âge. Les images radiologiques d’infiltrats, de caverne et de miliaire étaient les plus observées et étaient associées à un geneXpert positif avec une différence statistiquement significative. Nous avons noté une performance du GeneXpert significativement plus élevée chez les patients séronégatifs (80%) que chez les patients VIH (54%) mais l’immunodépression sévère n’avait pas d’influence sur les résultats du GeneXpert. Le GeneXpert avait été positif sur les frottis négatifs dans 55% des cas et dans 89% des cas sur les frottis positifs. Les caractéristiques de la population d’étude sont résumées dans le Tableau 1. Le GeneXpert avait été réalisé sur les crachats (56 cas), les liquides des séreuses (12 cas), dans le LCR (8 cas), sur le liquide de lavage broncho-alvéolaire (5 cas), dans le liquide d’aspiration gastrique (6 cas), dans le pus (3 cas) et dans les urines (1 cas). La performance du GeneXpert était variable selon la nature des échantillons: dans les crachats (64,3%), dans le LCR (62,5%), dans le liquide d’aspiration gastrique (83,3%), dans le liquide des séreuses (50%) et dans le pus (66,7%). Les résultats du Genexpert selon la nature du prélèvement sont résumés dans la Figure 1. Nous avons noté deux cas de résistance à la rifampicine confirmée par la culture avec antibiogramme.

 

 

La tuberculose reste très fréquente à la clinique des maladies infectieuses de Fann. Les caractéristiques épidémiologiques constatées chez nos malades sont proches de celles rapportées par d’autres auteurs dans des travaux menés au Sénégal et dans d’autres pays [4-6]. Nos recommandations ont légèrement différé de celles de l’OMS ou le geneXpert est recommandé en première intention pour les patients VIH et les suspicions de résistance. Ceci certainement du fait des implications majeures au niveau des ressources. La bacilloscopie, examen pourtant rapide, peu coûteux, permettant de signer le caractère bacillifère (contagieux) de la tuberculose n’a pas été réalisée chez tous les malades. Cela est certainement le fait de la disponibilité du GeneXpertqui fait que cet examen n’a pas été systématique malgré les recommandations. Il sera donc difficile dans ce travail d’évaluer le taux de confirmation étiologique des suspicions de tuberculose avant la réalisation du GeneXpert. Dans tous les cas, les études menées antérieurement allaient de 20 à 30% selon le plateau technique disponible à l’époque [4]. A noter que le taux de positivité du GeneXpert retrouvé dans notre étude se rapproche de celui retrouvé dans le service de pneumologie du même hôpital et des données de la littérature [6,7]. La plupart des études sur le GeneXpert confirme la performance du GeneXpert par rapport à la bacilloscopie. En Tanzanie, Rachow et al avait eu 11 cas de GeneXpert positif sur 18 frottis négatifs avec une différence significative (p = 0,001) [8]. Zeka et al en Turquie, dans leur cohorte de 349 patients, avaient une positivité de 68,9% (24/35) sur les échantillons pulmonaires à frottis négatif [9]. D’autres études ont retrouvé une sensibilité du GeneXpert plus élevée dans les échantillons à frottis négatif [10,11]. Nos résultats confirment pour les patients qui en ont bénéficié, la haute sensibilité du GeneXpert par rapport à la bacilloscopie, comme démontré dans la plupart des études de validation du GeneXpert [10,12]. Nos résultats montrent que le GeneXpert était plus performant chez les patients non infectés par le VIH, ce qui se rapproche des résultats de Rachow en Tanzanie, Theron et Bates et al [8,13,14]. Par contre, nos résultats étaient contradictoires à ceux obtenus par O’Grady qui avait retrouvé une sensibilité significativement plus importante chez les patients vivant avec le VIH (p = 0,03) et par Nicol et al [11] chez des enfants (p = 0,0042) [15].

 

Il faut également noter que pour Nicol un deuxième prélèvement augmente les chances d’avoir un résultat positif [11]. Sur les 68 patients infectés par le VIH, 37 avaient un GeneXpert positif, soit 54% de positivité et sur les 25 patients séronégatifs, 20 avaient un GeneXpert positif, soit 80% de positivité,avec une différence significative (p=0,02). Nos résultats montrent que le GeneXpert était plus performant chez les patients non infectés par le VIH, ce qui se rapproche des résultats de Rachow en Tanzanie, Theron et Bates et al [8,12,13]. Par contre, nos résultats étaient contradictoires avec ceux de O’Grady qui avait retrouvé une sensibilité significativement plus importante chez les patients vivant avec le VIH (p = 0,03) et par Nicol et al chez des enfants (p = 0,0042) [14,15]. Globalement de notre étude, ressort une nette différence de positivité du GeneXpert, selon la nature du prélèvement. En effet nous avons noté plus de résultats positif avec les expectorations (64%), les liquides des séreuses (pleurale, péritonéale et péricardique, avec 6 sur 12 échantillons), du LCR (5 sur 8 échantillons) et du liquide d’aspiration gastrique (5 sur 6 échantillons) sans différence significative (p = 0,2). La faible taille de notre population peut expliquer que certaines localisations soient sous estimées, mais aussi la difficulté de prélèvement de certains échantillons (biopsies ganglionnaires). Pour Tortioli, la sensibilité du GeneXpert était plus importante dans les biopsies, pus, LCR et liquides d’aspirations gastriques (sensibilité > 80%) que dans les liquides des séreuses (sensibilité < 50%) [11]. Zeka et al, dans leur cohorte, avaient conclu à une plus faible sensibilité du GeneXpert sur les prélèvements extrapulmonaires à frottis négatif (21/44, soit 47,7%) [9]. Nous pouvons expliquer cette variabilité dans les résultats par la différence des populations d’études et des types d’échantillons. Globalement, grâce à l’argument supplémentaire du GenXpert, nous avons pu avoir une confirmation étiologique pour environ 60% des patients. Le GeneXpert nous a de plus, permis de détecter une résistance à la rifampicine chez deux de nos patients. Ces résultats sont d’autant plus intéressants à signaler que nous étions confrontés à une difficulté d’accès à la culture.

 

 

Le geneXpert a été d’un grand apport pour le dépistage précoce de la tuberculose pulmonaire et extrapulmonaire mais également pour la détection de la résistance à la rifampicine, problème de plus en plus préoccupant, particulièrement dans un contexte où la culture n’était pas disponible en routine. Toutefois les examens classiques tels que l’examen microscopique, la radiologie restent la démarche de référence et devraient rester incontournables dans la prise en charge des patients suspects de tuberculose.

 

 

Les auteurs ne déclarent aucun conflit d’intérêt.

 

 

Tous les auteurs ont contribué à la conduite du travail de recherche. Tous les auteurs ont lu et approuvé la version finale du manuscrit.

 

 

Nous remercions notre partenaire ESTHER Fann.

 

 

Tableau 1: répartition des patients selon les caractéristiques épidémiologiques, clinique et paracliniques et les résultats du GeneXpert

Figure 1: résultats du GeneXpert selon la nature des prélèvements sur lequel le GeneXpert a été réalisé

 

 

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